La trama gira en torno a Jaden Yuki, un duelista que acaba de ingresar en la Academia del Duelo, un internado de duelos fundado por Seto Kaiba. Jaden, que obtuvo bajas calificaciones en su examen de ingreso pero gana el duelo de entrada contra Crowler, es colocado en el dormitorio Red Slifer, reservado a los estudiantes con bajas calificaciones. 4n5o1o
A lo largo de la historia, Jaden se ve envuelto en la resolución de los secretos ocultos de la academia, hace varios amigos y rivales y afronta numerosos retos en su búsqueda por convertirse en el próximo Rey de los Juegos.
